Η εκκλησία της Παναγίας στον Ορχομενό για εκατοντάδες χρόνια ήταν καθολικό του ανδρικού Μοναστηριού, της Μονής Σκριπούς, για την ιστορία του οποίου, όμως, δεν γνωρίζουμε πολλά, πέρα από κάποιες σκόρπιες πληροφορίες. Είναι αξιοσημείωτο πως παρά το γεγονός ότι ο Ορχομενός ήταν η λαμπρότερη πόλη της επαρχίας Λιβαδειάς, ποτέ η Σκριπού δεν έγινε έδρα επισκοπής, σε αντίθεση με μικρότερες και λιγότερες σπουδαίες πόλεις, κι` αυτό γιατί η μεγάλη αίγλη και η δόξα της Μονής, καθιστούσε περιττή την παρουσία επισκοπής. Ενδεικτικό της αίγλης της παραμένει έως και σήμερα η παλιά μαρμάρινη πύλη καθώς και μια πτέρυγα των κελιών της.
Η Σκριπού, ως Μονή, διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στην ανασυγκρότηση του Γένους την περίοδο της Τουρκοκρατίας ενώ η τεράστια περιουσία του Μοναστηριού έδινε την δυνατότητα να αναπτύσσει και σημαντικό φιλανθρωπικό έργο. Την περίοδο της Επανάστασης του 1821 γνωρίζουμε πως στη Σκριπούς ασκήτευαν περί τους 60 Μοναχούς ενώ η Μονή, αμέσως μετά την απελευθέρωση, είχε στην κατοχή της 60.000 στρέμματα, τα οποία χρόνια αργότερα μοιράστηκαν στους ακτήμονες της περιοχής.
Χαρακτηριστικό είναι πως στα τότε κτήματα της Μονής χτίστηκαν δύο Γυμνάσια, το Γενικό Λύκειο Ορχομενού, το Δημοτικό Στάδιο Ορχομενού, δύο κλειστά Γυμναστήρια, το 2ο Δημοτικό Σχολείο της πόλης ενώ σε 2.000 στρέμματα της Μονής δημιουργήθηκε και ένας νέο οικισμός από τους Σαρακατσάνους της περιοχής, το σημερινό Δημοτικό Διαμέρισμα του Διονύσου.
Στο Μοναστήρι της Σκριπούς φιλοξενήθηκαν, κατά καιρούς. πολλές επιφανής προσωπικότητες, όπως ο φιλέλληνας Λόρδον Βύρων όπως και ο μεγάλος Γερμανός Αρχαιολόγος Ερρίκος Σλήμαν.
Το Μοναστήρι ατόνησε χρόνια, στις αρχές του 20ου αιώνα, οπότε και έγινε μετόχι της Μονής του Οσίου Σεραφείμ του εν Δαμβούς ενώ κατά την εποχή της απαλλοτρίωσης των κτημάτων του εγκατέλειψαν τη Σκριπού και οι τελευταίοι Μοναχοί.
Με απόφαση του τότε Μητροπολίτη Θηβών και Λεβαδείας, η Σκριπού μετατράπηκε σε ενοριακός Ναός του Ορχομενού και το 1929, ύστερα και από την επίσκεψη της αείμνηστης συζύγου του Εθνάρχη Ελευθερίου Βενιζέλου, Έλενα, η «Παναγία η Σκριπού» ανακηρύσσεται ιστορικό διατηρητέο μνημείο. Σημαντικότατη ήταν τότε η παρέμβαση του εφημέριου π. Ιωάννη Λάμπρου καθώς και των τότε επιτρόπων.
Οι εργασίες για την αποκατάσταση του μνημείου ξεκίνησαν άμεσα από τον αείμνηστο καθηγητή Αναστάσιο Ορλάνδο, και ολοκληρώθηκαν το 1940 με το κτίσιμο του νέου καμπαναριού. Αξίζει να σημειωθεί πως το μνημείο παρέμενε πάντα σημείο αναφοράς για τον Ορχομενό, ενώ στα κελιά της Μονής, κατά καιρούς, στεγάστηκε το Ελληνικό Σχολείο, ταλαιπωρημένες προσφυγικές οικογένειες από τη Μικρά Ασία και τη Θράκη, το πρώτο Γυμνάσιο Ορχομενού και ο Σταθμός της Χωροφυλακής.
Ύστερα από την ολοκλήρωση των εργασιών συντηρήσεων και αναστηλώσεως του Ναού, ο ναός της Παναγίας παραδόθηκε και πάλι στους κατοίκους της Σκριπούς και έκτοτε λειτουργεί ως ενοριακός Ναός, ανακουφίζοντας αμέτρητες ψυχές στο θυσιαστήριό του, για περισσότερα από 1120 χρόνια! Τα τελευταία 25 χρόνια, εφημέριος του Ναού είναι ο ακούραστος, εμπνευσμένος ιερωμένος πατέρας Χαράλαμπος Χατζηχαραλάμπους.